Từ năm 1999 đến năm 2004, ARCBC đã thiết lập thành công cầu nối thúc đẩy sự hợp tác mạnh mẽ giữa các Quốc gia Thành viên ASEAN (AMS) và các tổ chức là đối tác giữa ASEAN và EU, đồng thời được công nhận trên khu vực và toàn cầu về đa dạng sinh học. Một năm sau vào năm 2005, ASEAN và EU đã đồng ý thành lập Trung tâm Đa dạng sinh học ASEAN để thực hiện các công việc mà dự án ARCBC hoàn thành.

Hiệp định Tài trợ được ký kết giữa EU và ASEAN đã cung cấp nguồn vốn thiết yếu cho việc thành lập ACB. Trung tâm được thành lập với mục đích chính là tạo điều kiện cho sự phối hợp và hợp tác giữa AMS về sử dụng bền vững và bảo tồn đa dạng sinh học. Thỏa thuận về việc thành lập Trung tâm đã được ký kết bởi Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường của các nước Brunei Darussalam, Campuchia, Indonesia, Lào, Malaysia, Myanmar, Philippines, Thái Lan, Singapore và Việt Nam thay mặt cho chính phủ nước mình.